轉錄組測序

     轉錄組學,是一門在整體水平上研究細胞中所有基因轉錄及轉錄調控規律的學科。轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和,主要包括 mRNA和非編碼RNA 。相對于傳統芯片而言,轉錄組測序無需預先設計探針,即可對任意物種、任意細胞類型進行轉錄組檢測,能夠提供更準確的數字化信號,更高的檢測通量和更廣泛的檢測范圍,另外,新一代高通量測序技術可以全面快速地獲得特定細胞或組織在某一個狀態下幾乎所有轉錄本的序列信息和表達信息,從而準確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記(SNPs)等生命科學的重要問題。天津生物芯片技術有限責任公司可以為您提供全面的轉錄組測序服務、基于測序數據的專業和定制化的生物信息學分析服務。

一. 轉錄組測序技術路線

二. 技術優勢
1. 標準化文庫構建和測序流程,并通過人為添加內參的方法,控制文庫構建和測序導致的偏移,增加轉錄組測序的可重復性和準確性。
    在獲得總RNA樣品后,我們將總RNA中加入不同長度、不同豐度和不同GC含量的mRNA作為spike-in control,監測文庫構建及測序過程中的檢測底線、動態范圍及測序偏移。

2. 可實行鏈特異性測序技術,能夠區分正義鏈或反義鏈信息,其對于轉錄組的功能分析具有十分重要的意義。

3. 轉錄組測序的結果分析在轉錄組的研究中至關重要。我公司擁有一支優秀的生物信息學團隊,團隊中80%的工作人員具有博士學位,長期從事生物信息學分析,實現基本生物信息學分析標準化、流程化,個性化分析定制化,確保高水平的轉錄組測序結果分析。

三. 生物信息學分析內容:
無參考基因組序列的轉錄組

1.  標準信息分析
1)對原始數據進行去除接頭序列及低質量reads的處理;
2)數據產出統計及測序數據的成分和質量評估;
3)組裝結果分析;
4)Unigene功能注釋及COG分析;
5)Unigene的GO分類;
6)Unigene代謝通路分析;
7)預測編碼蛋白框(CDS);
8)Unigene表達差異分析;
9)Unigene在樣品間的差異GO分類和Pathway富集性分析;
10)SNP分析(僅針對真核生物);
11)SSR開發及引物設計(僅針對真核生物)。
2.  定制化信息分析
可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容。
有參考基因組序列的轉錄組
1.  標準信息分析
1)對原始數據進行去除接頭序列及低質量reads的處理;
2)測序評估; 統計rRNA比例(需提供rRNA參考序列)(僅針對原核生物)
3)基因表達注釋;
4)基因差異表達分析;
5)差異基因的表達模式聚類分析(僅針對真核生物);
6)差異表達基因GO功能富集分析(僅針對真核生物);
7)差異表達基因Pathway顯著富集分析(僅針對真核生物);
8)對基因結構進行優化(僅針對真核生物);
9)鑒定基因的可變剪接(僅針對真核生物);
10)新轉錄本預測及注釋;
11)SNP分析。
2.  定制化信息分析
    可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容。

四. 成功案例

   在原核生物的細菌轉錄組測序中細菌的核糖體沉降系數分為3種,分別是5s、16s和23s,其中16s rRNA 和23s rRNA約占rRNA總量的95%,因此,有效去除16s rRNA 和23s rRNA是成功完成轉錄組測序及后期生物信息學分析的關鍵。

    天津生物芯片公司成功摸索出一套雙端高效去除16s rRNA 和23s rRNA的新技術,去除率達到80%以上,確保細菌轉錄組測序及后期的生物信息學分析的順利進行。曾成功地對一株高GC含量(GC含量高達68%, 常見菌株GC含量為52%-55%)的細菌轉錄組進行測序,獲得總數據量達1.6G, 覆蓋度達到100X,其中有效mRNA>40%,高覆蓋基因>70%, 發現非編碼小RNA42個。
天津生物芯片原核生物轉錄組測序平臺先進而完善,在國內乃至世界首屈一指,對微生物的代謝通路和分子進化研究更是處于國際領先水平。

五. 實驗周期
    從客戶獲得合格樣品后40個工作日內完成文庫構建、上機測序和生物信息學分析工作。

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