技術服務類

真菌染色體定位

動植物基因組de novo測序

 


 

 

問:正在做一個真菌基因組測序的項目,目前通過高通量測序數據拼接,獲得了200多條序列,想減少序列數量,增加完整性,最好有幾條染色體就拼成幾條序列,如何解決?

 

答:要想獲得染色體級別的結果一般需要圖譜輔助完成,單純靠高通量拼接很難獲得染色體級別拼接結果,即使獲得染色體級別拼接結果也很難確認染色體末端。天津生物芯片利用Argus獲得光學圖譜(Optical Mapping),可以很快地檢測真菌染色體的末端,輔助高通量拼接獲得染色體水平拼接結果。
問:做了真菌基因組測序,投了一篇文章,但reviewer希望能夠將序列進行染色體定位,如何解決?
答:序列的染色體定位一般依賴于遺傳圖譜、物理圖譜,以及BAC-FISH雜交等技術。如果想短期內獲得染色體信息,基因組光學圖譜可以短期做到。(更多問題咨詢,請點擊

 


 

問:如何避免基因組中的重復序列造成的組裝錯誤?
答:應用新一代高通量測序技術,構建200bp、500bp、2Kb、6Kb、10Kb、20Kb等不同大小的DNA測序文庫,進行雙末端海量測序,可以避免基因組中的重復序列造成的錯拼。當測序數據量達到基因組大小的60倍以上時,即可保證基因組的完整性和序列中單堿基的準確性。

問:如何檢測基因組組裝的準確性?
答:目前,主要可以通過以下幾種方法來檢驗基因組組裝的準確性。①通過構建BAC或Fosmid文庫,并進行常規測序,將所得序列與拼接好的Contigs做比對以判斷基因組組裝的準確率。② 將已知的基因序列與拼接好的Scaffolds做比對,查看兩者是否吻合,吻合度越高,表明基因組組裝越好。而且已知的基因序列越多,評價結果越可靠。③ 估計組裝后基因組的單堿基準確度,利用新一代測序技術,如果95%以上的基因組單堿基覆蓋度超過20×,則認為該基因組的單堿基準確度較高。

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